Οδηγίες προς τις εφορίες και διευκρινίσεις προς τους φορολογούμενους, για την περαίωση των εκκρεμών φορολογικών υποθέσεων καθώς και για τη ρύθμιση των ληξιπρόθεσμων χρεών, δίνει το υπουργείο Οικονομικών, με εγκύκλιο που απεστάλη προς όλες τις Δ.Ο.Υ. Συγκεκριμένα  το  Υπουργείο Οικονομικών με αφορμή την έναρξη αποπληρωμής των εκκαθαριστικών για την εκούσια κατάργηση φορολογικών διαφορών για εκκρεμείς φορολογικές υποθέσεις με βάση τις διατάξεις του Νόμου 3888/2010 υπενθυμίζει τα εξής:
 Η υπαγωγή στη ρύθμιση είναι προαιρετική.
 Εκκαθαριστικά για την υπαγωγή στη ρύθμιση θα λάβουν όλοι οι επιτηδευματίες και οι επιχειρήσεις.
 Τα εκκαθαριστικά θα εκδοθούν από την Γ.Γ.Π.Σ και θα αφορούν όλες τις ανέλεγκτες χρήσεις από το 2000 έως και το 2009, εξαιρουμένων όσων έχουν προβεί σε αυτοπεραίωση και δεν έχουν ενταχθεί στο δείγμα ελέγχου.
 Για κάθε χρήση, ανεξαρτήτως ακαθάριστων εσόδων υπάρχει ελάχιστο ποσό καταβολής προκειμένου ο φορολογούμενος να υπαχθεί στη ρύθμιση εάν επιθυμεί και να γίνει κατάργηση της φορολογικής εκκρεμότητας για τις χρήσεις που θα επιλέξει να υπαχθεί.
 Κάθε φορολογούμενος-αποδέκτης εκκαθαριστικού θα πρέπει να ελέγξει προσεκτικά την ορθότητα των στοιχείων του εκκαθαριστικού του, μόλις το παραλάβει.
 Εφόσον συμφωνεί, μπορεί να περαιώσει επιλεκτικά όσες χρήσεις αποφασίσει, με την προϋπόθεση  ότι θα είναι συνεχόμενες από την παλαιότερη μέχρι την πιo πρόσφατη.
 Με την καταβολή ποσοστού 20% από το συνολικό ποσό που αφορά στις χρήσεις που επιλέγει να ρυθμίσει ως προκαταβολή, τεκμαίρεται η από μέρους του ανεπιφύλακτη και αμετάκλητη αποδοχή των στοιχείων του εκκαθαριστικού σημειώματος.
 Η αποδοχή των όρων της ρύθμισης δια της καταβολής σύμφωνα με το μηχανογραφικό δελτίο, της πρώτης δόσης ή του συνολικού ποσού θα πρέπει να πραγματοποιηθεί μέχρι τις 18 Νοεμβρίου 2010 και γίνεται σε οποιαδήποτε τράπεζα.
 Εφόσον το ποσό που απομένει μετά την προκαταβολή εξοφληθεί μέσα στον χρόνο καταβολής της α' δόσης, παρέχεται έκπτωση 10% επ' αυτού.
 Η α' δόση καταβάλλεται μέχρι τις 31 Δεκεμβρίου 2010, δηλαδή τελευταία ημέρα του επόμενου μήνα από την αποδοχή της ρύθμισης που περιλαμβάνεται στο εκκαθαριστικό.
 Εάν ο φορολογούμενος δεν συμφωνεί με τα ποσά του εκκαθαριστικού, απευθύνεται στην αρμόδια Δ.Ο.Υ., πριν να πραγματοποιήσει οποιαδήποτε καταβολή.
 Εφόσον επέλθουν μεταβολές στο εκκαθαριστικό από την Δ.Ο.Υ. και ο φορολογούμενος συμφωνήσει με τις μεταβολές,  η πληρωμή της προκαταβολής πρέπει να γίνει μέχρι τις 29 Νοεμβρίου 2010 και γίνεται στην αρμόδια Δ.Ο.Υ.
 Εφόσον από την επανεξέταση του εκκαθαριστικού στη Δ.Ο.Υ. δεν προκύψουν τροποποιήσεις, η πληρωμή της προκαταβολής γίνεται μέχρι τις 18 Νοεμβρίου 2010 σε τράπεζα.
Επιπλέον, το Υπουργείο Οικονομικών διευκρινίζει ότι η αυτοματοποίηση της διαδικασίας περαίωσης μέσω της αποστολής εκκαθαριστικών από τη Γ.Γ.Π.Σ. και την εξόφλησή τους μέσω τραπεζών έχει ως στόχο τη διευκόλυνση των φορολογούμενων και την ελαχιστοποίηση του κόστους, του χρόνου και των πόρων που θα απαιτούνταν για να κλείσουν οριστικά οι εκκρεμότητες παρελθόντων οικονομικών ετών. Για την ολοκλήρωση της διαδικασίας έχουν καταγραφεί σε εκκαθαριστικά σημειώματα στοιχεία για περισσότερες από 4 εκ. ανέλεγκτες χρήσεις και για το λόγο αυτό υπάρχει πιθανότητα σφαλμάτων στα εκκαθαριστικά σημειώματα, τα οποία μπορούν να επιβεβαιωθούν και να διορθωθούν στις Δ.Ο.Υ. Ωστόσο, έχουν καταγραφεί ειδικές περιπτώσεις που οφείλονται στην απουσία πληροφορίας από το μηχανογραφικό σύστημα. Για παράδειγμα, εάν δεν έχει δηλωθεί ο θάνατος συγγενούς, το μηχανογραφικό σύστημα δεν εξαιρεί και θα εκδοθεί εκκαθαριστικό στο όνομα του θανόντος. Αν έχει γίνει δήλωση του θανάτου, αλλά δεν έχει γίνει αποποίηση, το μηχανογραφικό σύστημα δεν εξαιρεί και θα εκδοθεί εκκαθαριστικό το οποίο αποστέλλεται στους κληρονόμους. Εάν δεν έχει γίνει διακοπή εργασιών και κλείσιμο βιβλίων στην Δ.Ο.Υ., το μηχανογραφικό σύστημα θα εκδώσει εκκαθαριστικό σημείωμα εφόσον η επιχείρηση θεωρείται ότι εξακολουθεί να είναι φορολογικά ενεργή. Τέλος, εάν έχει γίνει διακοπή εργασιών αλλά οι χρήσεις δεν έχουν ελεγχθεί από την Εφορία, το μηχανογραφικό σύστημα θα εκδώσει εκκαθαριστικό σημείωμα για τις μεσολαβούσες χρήσεις μέχρι το έτος της διακοπής. Σε κάθε περίπτωση, η υπαγωγή στη ρύθμιση αφορά στις ανέλεγκτες χρήσεις για τις οποίες θεωρείται φορολογικά ενεργή μια επιχείρηση.
 
Σε σχέση με την εκούσια ρύθμιση υποθέσεων που εκκρεμούν στα δικαστήρια υπενθυμίζεται ότι:
 Η υπαγωγή στη ρύθμιση είναι προαιρετική.
 Οι φορολογούμενοι που έχουν βεβαιωμένες διαφορές που εκκρεμούν ενώπιον δικαστηρίων, θα πάρουν ενημερωτικό σημείωμα/πρόσκληση από την αρμόδια για την διαφορά Δ.Ο.Υ.
 Ο προσδιορισμός των προς καταβολή ποσών στα πλαίσια της περαίωσης των δικαστηριακών υποθέσεων γίνεται με την μετάβαση του ενδιαφερόμενου στην αρμόδια Δ.Ο.Υ.
 Εφόσον ο φορολογούμενος αποδεχθεί τους όρους υπαγωγής,  η πληρωμή της προκαταβολής γίνεται στην Δ.Ο.Υ το αργότερο μέχρι τις 29 Νοεμβρίου 2010 και ισούται με το 20% του προσδιορισθέντος ποσού.
 Η α΄ δόση καταβάλλεται μέχρι τις 31 Δεκεμβρίου 2010, τελευταία ημέρα του επόμενου μήνα από την αποδοχή.
 
Τέλος, σε σχέση με τη ρύθμιση ληξιπρόθεσμων οφειλών υπενθυμίζεται ότι:
 Τo πρόγραμμα εφάπαξ καταβολής με πλήρη απαλλαγή από προσαυξήσεις, έληξε στις 29 Οκτωβρίου 2010. Ειδικά για τους φορολογούμενους που είχαν υποβάλλει αίτηση υπαγωγής σε αυτό μέχρι την ανωτέρω ημερομηνία, παρέχεται εκ του Νόμου δυνατότητα ολοσχερούς εξόφλησης το αργότερο μέχρι τις 5 Νοεμβρίου 2010.
 Ωστόσο, τα προγράμματα ρύθμισης ληξιπρόθεσμων οφειλών με δόσεις είναι δυναμικά.
 Οποιοσδήποτε οφειλέτης δεν εντάχθηκε σε πρόγραμμα ρύθμισης μέχρι τις 29 Οκτωβρίου 2010, έχει δικαίωμα υπαγωγής στο πρόγραμμα ρύθμισης της επιλογής του κατά τον χρόνο που θα επιλέξει. Σε αυτή την περίπτωση η μόνη διαφορά στους όρους ένταξης στη ρύθμιση είναι ότι θα χρειαστεί να καταβάλει όλες τις δόσεις που θα έχουν μεσολαβήσει από την εκ του Νόμου προβλεπόμενη προθεσμία υποβολής της αίτησης (Οκτώβριος 2010) μέχρι την υπαγωγή, καθώς και των επ' αυτών προσαυξήσεων για την μεσολαβούσα περίοδο.
 Επίσης οποιοσδήποτε έχει υπαχθεί σε πρόγραμμα ρύθμισης με δόσεις μπορεί να επιλέξει την υπαγωγή του σε άλλο πρόγραμμα με περισσότερες δόσεις για το υπόλοιπο προς καταβολή ποσό κατά τον χρόνο υποβολής του αιτήματος, με την προϋπόθεση να έχει καταβάλλει εμπρόθεσμα όλες τις μέχρι τότε δόσεις του και να καλύπτεται από την ελάχιστη ανά πρόγραμμα καταβολή.
 Κατ' αντιστοιχία οποιοσδήποτε έχει υπαχθεί σε πρόγραμμα ρύθμισης με πολλές δόσεις, έχει το δικαίωμα να επιλέξει νέα ρύθμιση με λιγότερες δόσεις, οπότε στην περίπτωση αυτή δικαιούται απαλλαγής προσαυξήσεων εκπρόθεσμης καταβολής για το υπόλοιπο ποσό που υπάγεται στη νέα ρύθμιση με το οριζόμενο για το νέο πρόγραμμα αυξημένο ποσοστό.
 Στις ρυθμιζόμενες ληξιπρόθεσμες οφειλές υπάγονται όλες όσες έχουν βεβαιωθεί ταμειακά μέχρι τις 30 Σεπτεμβρίου 2010.
 Ο οφειλέτης μπορεί επίσης να περιλάβει στη ρύθμιση βεβαιωμένες μη ληξιπρόθεσμες μέχρι 30 Σεπτεμβρίου 2010 οφειλές, καθώς και οφειλές σε αναστολή, διευκόλυνση ή νομοθετική ρύθμιση, αλλά χωρίς επιμήκυνση του χρόνου ρύθμισης.
 Για τις βεβαιωμένες οφειλές έως 30 Σεπτεμβρίου 2010 δεν μπορεί να γίνει άλλη ρύθμιση πέρα από αυτή που προβλέπεται στον Νόμο.
 Οφειλέτης χάνει τα δικαιώματα της ρύθμισης στην περίπτωση μη καταβολής των δόσεων, καθώς και στη περίπτωση που ο φορολογούμενος δεν υποβάλλει εμπρόθεσμα τις φορολογικές του δηλώσεις ή δεν είναι ενήμερος στις τρέχουσες υποχρεώσεις του για διάστημα μεγαλύτερο των δύο μηνών.
 Για τους οφειλέτες που θα υπαχθούν στην ρύθμιση, προβλέπεται η χορήγηση πιστοποιητικού φορολογικής ενημερότητας μηνιαίας διάρκειας, υπό την προϋπόθεση προηγούμενης καταβολής ελάχιστου αριθμού δόσεων  εξαρτώμενου από τον αριθμό δόσεων του προγράμματος ρύθμισης της επιλογής τους.